O Santos conquistou seu terceiro título nacional em 1963 vencendo mais uma vez o Bahia na final da Taça Brasil. Pelé foi o segundo na artilharia com 5 gols atrás de Ruiter do Confiança-SE que marcou 9 gols. Essa competição era o campeonato brasileiro da CBD (Confederação Brasileira de Desportos), que qualificou a equipe baiana para jogar a Taça Libertadores da América em 1964 pois o Santos já tinha uma vaga garantida por ser o atual bicampeão do sulamericano.
Equipes que participaram da edição da Taça Brasil de 1963
| Equipe | Estado | Classificação |
| ABC | RN | Campeão potiguar de 1962 |
| Atlético Mineiro | MG | Campeão mineiro de 1962 |
| Bahia | BA | Campeão baiano de 1962 |
| Botafogo | RJ | Campeão carioca de 1962 |
| Campinense | PB | Campeão paraibano de 1962 |
| Capelense | AL | Campeão alagoano de 1962 |
| Ceará | CE | Campeão cearense de 1962 |
| Confiança | SE | Campeão sergipano de 1962 |
| Defelê | DF | Campeão brasiliense de 1962 |
| Fonseca | RJ | Campeão fluminense de 1962 |
| Grêmio | RS | Campeão gaúcho de 1962 |
| Londrina | PR | Campeão paranaense de 1962 |
| Metropol | SC | Campeão catarinense de 1962 |
| Paysandu | PA | Campeão paraense de 1962 |
| Rio Branco-ES | ES | Campeão capixaba de 1962 |
| River-PI | PI | Campeão piauiense de 1962 |
| Sampaio Corrêa | MA | Campeão maranhense de 1962 |
| Santos | SP | Campeão paulista de 1962 |
| Sport | PE | Campeão pernambucano de 1962 |
| Vila Nova | GO | Campeão goiano de 1962 |
Veja mais detalhes dessa edição:
A Taça Brasil de 1963 foi dividida em quatro fases.
1º Fase: Os clubes foram divididos nos seguintes grupos: Norte, Nordeste, Leste e Sul.
2º Fase: Os vencedores dos grupos Norte e Nordeste jogavam entre si por uma vaga, e os clubes dos grupos Leste e Sul decidiram outra vaga.
3° Fase: Na fase seguinte os clubes que se classificaram enfrentavam Santos (campeão paulista 1962) e Botafogo (campeão carioca de 1962) nas semifinais.
4° Fase: Os vencedores das semifinais jogavam a final.
Campanha do Santos:
4 jogos
4 vitórias
Gols Pró: 15
Gols Contra: 4
Saldo de Gols: +11
Jogos decisivos
Semifinais
17/10/1963 – Fonte Nova/BA: Bahia 1 x 0 Botafogo-RJ
30/10/1963 – Maracanã/RJ: Botafogo-RJ 0 x 0 Bahia
16/01/1964 – Olímpico/RS: Grêmio-RS 1 x 3 Santos
19/01/1964 – Estádio Pacaembu/SP: Santos 4 x 3 Grêmio-RS
Finais
25/01/1964 – Estádio Pacaembu/SP: Santos 6 x 0 Bahia
28/01/1964 – Fonte Nova/BA: Bahia 0 x 2 Santos