O Santos conquistou seu quinto título nacional em 1965 vencendo o Vasco da Gama na final da Taça Brasil. O artilheiro foi Alcindo do Grêmio que marcou 10 gols. Essa competição era o campeonato brasileiro da CBD (Confederação Brasileira de Desportos).
Equipes que participaram da edição da Taça Brasil de 1965
| Equipe | Estado | Classificação |
| Alecrim | RN | Campeão potiguar de 1964 |
| Atlético Goianiense | GO | Campeão goiano de 1964 |
| Campinense | PB | Campeão paraibano de 1964 |
| CRB | AL | Campeão alagoano de 1964 |
| Desportiva Ferroviária | ES | Campeão capixaba de 1964 |
| Eletrovapo | RJ | Campeão fluminense de 1964 |
| Flamengo-PI | PI | Campeão piauiense de 1964 |
| Fortaleza | CE | Campeão cearense de 1964 |
| Grêmio | RS | Campeão gaúcho de 1964 |
| Grêmio Maringá | PR | Campeão paranaense de 1964 |
| Guanabara | DF | Campeão brasiliense de 1964 |
| Nacional-AM | AM | Campeão amazonense de 1964 |
| Náutico | PE | Campeão pernambucano de 1964 |
| Olímpico | SC | Campeão catarinense de 1964 |
| Palmeiras | SP | Vice-campeão paulista de 1964 |
| Remo | PA | Campeão paraense de 1964 |
| Sampaio Corrêa | MA | Campeão maranhense de 1964 |
| Santos | SP | Campeão brasileiro de 1964 |
| Sergipe | SE | Campeão sergipano de 1964 |
| Siderúrgica | MG | Campeão mineiro de 1964 |
| Vasco da Gama | RJ | Campeão da Taça Guanabara de 1965 |
| Vitória | BA | Campeão baiano de 1964 |
Veja mais detalhes dessa edição:
A Taça Brasil de 1965 foi dividida em quatro fases.
1º Fase: Os clubes foram divididos nos seguintes grupos: Norte, Nordeste, Leste e Sul.
2º Fase: Os vencedores dos grupos Norte e Nordeste jogavam entre si por uma vaga, e os clubes dos grupos Leste e Sul decidiram outra vaga.
3° Fase: Na fase seguinte os clubes que se classificaram enfrentavam Santos (campeão paulista 1964) e Vasco (campeão carioca 1963) nas semifinais.
4° Fase: Os vencedores das semifinais jogavam a final.
Campanha do Santos:
4 jogos
3 vitórias
1 empate
Gols Pró: 11
Gols Contra: 4
Saldo de Gols: +7
Jogos decisivos
Semifinais
03/11/1965 – Estádio Pacaembu/SP: Santos 4 x 2 Palmeiras
10/11/1965 – Estádio Pacaembu/SP: Palmeiras 1 x 1 Santos
03/11/1965 – Estádio Aflitos/PE: Náutico-PE 2 x 2 Vasco
10/11/1965 – Estádio Maracanã/RJ: Vasco 1 x 0 Náutico-PE
Finais
01/12/1965 – Estádio Pacaembu/SP: Santos 5 x 1 Vasco
08/12/1965 – Estádio Maracanã/RJ: Vasco 0 x 1 Santos
Elenco campeão: Gilmar; Carlos Alberto, Mauro e Geraldino; Lima e Orlando; Dorval, Mengálvio, Coutinho, Pelé e Pepe (Abel). Técnico: Lula